Научна експедиција у дубинама Амазоније открива фосилизоване остатке необичног бића, али убрзо схвата да је његов директни потомак и даље веома жив у изолованој Црној лагуни. Праисторијски човек-риба постаје опседнут прелепом научницом из тима и почиње немилосрдно да убија све који покушају да га ухвате или му приђу. Чланови експедиције упадају у клопку на сопственом броду, приморани на очајничку борбу за опстанак против интелигентног рептила који савршено познаје сваки кутак мутне воде.